Ateus.net foi fundado em 1999 com a ideia de criar um ponto de referência sobre ateísmo e assuntos relacionados — ceticismo, niilismo, determinismo, método científico — servindo como fonte de recursos e incentivando debates em torno do tema.
Para tal fim, o portal é utilizado para a publicação periódica de artigos, vídeos e cartoons, contando também com uma comunidade — ateus.network — gerida pelos próprios membros, possibilitando que mantenham contato direto entre si para debates, encontros, bate-papos etc.